Ahora que ya tienes tu favicon terminado, haz click en File-Save As y selecciona la extencion que dice Windows Icon (.*ICO). Si no encuentras la extension, puede ser por las siguientes razones:
-Copiaste el plugin en el folder equivocado.
-Tu imagen es mas grande que 256x256.
-Bitmatp, Gray Scale, Indexed o RGB Mode.
-No mas de 8 Bits/Channel.